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Tra i mammiferi oggi presenti a Lampedusa figurano quattro di quelli domestici: le pecore, le capre, i cani e i gatti alcuni dei quali inselvatichiti e di eccezionali dimensioni, e alcuni di quelli selvatici: Coniglio selvatico, Mustiolo, Pipistrello albolimbato, Topolino delle case. Nel mare che circonda l’isola sono presenti con regolarità tre specie di delfino facilmente osservabili: Tursiope, Stenella e Delfino comune; nel periodo tra marzo ed aprile, alcuni grandi mammiferi quali la Balenottera comune, la Balenottera minore e il Capodoglio.
Grazie alla posizione strategica dell'isola, Lampedusa ospita oggi una fauna selvatica di particolare interesse, come il Falco della Regina, il Gabbiano reale, il Marangone dal Ciuffo, l'Airone, il Fenicottero, il Columbro Lacertino, il Columbro dal Cappuccio, il Geco verrucoso, la Tarantola muraiola, la Lucertola striata comune che è presente soltanto sull’Isola dei Conigli e la Tartaruga marina comune “Caretta caretta”. L'attenzione e la preoccupazione per i problemi di conservazione della fauna selvatica, ha dato vita al Centro di Recupero situato attualmente al porto nuovo, che oltre ad occuparsi, appunto, di animali selvatici feriti, svolge altri programmi di rilevante importanza, come l'educazione ambientale con progetti mirati per le scuole e la sensibilizzazione della popolazione locale e dei fruitori estivi dell'Isola, con conferenze, campi di volontariato, manifestazioni, ecc.
Bellissimo è anche lo spettacolo che si presenta agli occhi di chi, armato di maschera e pinne, naviga lungo le coste rocciose: donzelle pavonine dai colori sgargianti, scorfani, bavose sfinge (nascoste nelle piccole cavità degli scogli), stelle marine, salpe, le sottili aguglie, polpi, mante, murene, meduse, lepri e cetrioli di mare. Il fondale, a tratti roccioso, o candido e sabbioso, si tinge improvvisamente di verde scuro.
E la posidonia, pianta acquatica, chiamata anche polmone del Mediterraneo, per l'ossigeno che rilascia nell'acqua, forma vere e proprie praterie sommerse. Chi invece è dotato di bombole scopre un mare ricchissimo di coralli, spugne, madrepore, alcuni coloratissimi pesci pappagallo e, nei pressi di Capo Grecale (ma solo a 50 m di profondità), le aragoste.
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